У 1941 р. вступив до Ужгородської духовної семінарії. У наступному році був засуджений на 2 роки угорським військовим трибуналом за належність до українського національно-визвольного підпілля, яке ввійшло в історію як Ковнерівське. Звільнений за амністією. 18 серпня 1946 р., закінчивши семінарію, отримав ієрейські свячення від владики Теодора Ромжі. Був помічником пароха у м. Виноградові, потім адміністратором у Рахові. На початку лютого 1949 р. у церкву під час служби зайшли НКВДисти, забрали священика з собою, але потім відпустили, попередивши, що повинен негайно залишити Рахів. Тож І. Маргітич повертається на Виноградівщину і до 3 березня 1951 р., коли був заарештований, здійснює підпільні Богослужіння в різних селах. Засуджений на 25 років таборів, звільнений у вересні 1955 р. за амністією. Надалі довгі десятиліття, працюючи вдень у колгоспі, вночі підпільно займався душпастирством. Через переслідування, на певний час був змушений залишити Закарпаття, куди повернувся в 1963 р.
10 вересня 1987 р. Іван Маргітич підпільно висвячений на єпископа (святитель єпископ Софрон Дмитерко). Був активним членом Комітету захисту прав УГКЦ. Разом із владикою Павлом Василиком став ініціатором заяви, яка за підписом 2 єпископів, 23 священиків, 6 монахів та монашок, 170 вірників 4 серпня 1987 р. надійшла до Папи Римського Івана Павла ІІ (копія Генеральному секретареві ЦК КПРС М. Горбачову), в якій повідомлялося «про вихід певної частини УГКЦ з підпілля». КДБ застосувало різноманітні засоби тиску на авторів заяви. У травні 1988 р Іван Маргітич на чолі закарпатської делегації взяв участь у зустрічі греко-католиків із Р. Рейганом, яка відбулася під час візиту американського президента у Москву, в наступному році – в голодуванні під час роботи Першого з’їзду народних депутатів СРСР. 25 вересня 1989 р., разом із єпископом Іваном Семедієм, на чолі делегації у складі дванадцяти священиків та активістів-мирян (загалом – 35 осіб), прийшов у Закарпатський облвиконком із заявою про необхідність легалізації громад греко-католицької церкви. У тому, що у грудні 1989 р. Греко-Католицька Церква в СРСР була легалізована – є і велика заслуга жертовної діяльності Івана Маргітича.
25 січня 1991 р. призначений єпископом-помічником Мукачівської греко-католицької єпархії, а в 1993 р. і синкелом для українців Закарпаття. В умовах нав’язаного владою церковного сепаратизму, послідовно домагався перед Апостольським Престолом єдності Греко-католицької церкви в Україні.
Владика Іван Маргітич був визначним громадським та науковим діячем, публіцистом, палким патріотом України. Брав участь у найрізноманітніших форумах, конференціях інших заходах як в Україні, так і за її мажами. Брав активну участь у змаганні за державну незалежність України, докладав великих зусиль до впровадження української мови в Богослужіння та за єдність УГКЦ. Користувався надзвичайно великим авторитетом, здобув палку любов, шанобливе величання Народний Єпископ. Усе життя Івана Маргітича, до останнього подиху, було присвячене і віддане служінню Церкві, Україні та її народові.
Помер Іван Маргітич у неділю, 7 вересня 2003 р., під час проведення Архієрейської літургії у селі у Пилипець Міжгірського району, похований у крипті збудованого ним у с. Боржавське прекрасного Храму.
Володимир Піпаш, кандидат історичних наук