За 10 наступних років він був і начальником прикордонної застави, і начальником штаба полку, і начальником штаба загону. Наприкінці вересня 1939 року на базі Олевського прикордонного загону Київського округу був сформований Рава-Руський прикордонний загін. Його організатором і першим начальником став 35-річний підполковник Микола Прокофєвич Зубарєв, який щойно закінчив воєнну академію імені М.В. Фрунзе.
Прикордонний загін був сформований у складний час. 17 вересня частини Червоної Армії, виконуючи наказ Радянського уряду, перейшли тодішній радянсько-польський кордон і взяли під свій захист життя і майно населення Західної України. Новосформований прикордонний загін на початку жовтня 1939 року прибув у Раву-Руську і від частин Червоної Армії прийняв під охорону призначену ділянку державного кордону. Нелегкою була для прикордонників Рава-Руського загону охорона кордону з нацистською Німеччиною. Не проходило жодного дня без затримання шпігунів і диверсантів, яких переправляли на радянську територію. Крім того, у прикордонній зоні діяли банди українських націоналістів. Улітку 1940 року гітлерівська Німеччина почала підготовку до нападу на Радянський Союз. Заслання агентів ще більше активізувалося. Але прикордонники Рава-Руського загону с честю виконували свій обов’язок перед Батьківщиною.
Саме прикордонники західного кордону нашої держави першими мужньо зустріли початок війни 22 червня 1941 року. Це про них – відважних, сміливих, які безсмертною славою прославилися в боях, – писали пізніше військові журналісти Західного фронту в 1941 році. Про політрука Мясникова, старшого лейтенанта Дмитра Кубишкіна, наводчика Д. Лаптєва, солдатів Кожина в Товстенка. У кожному бою зростала чисельність героїв, відважних прикордонників, командиром яких був Микола Зубарєв.
Під час військових операцій все більше розкривався талант офіцера. У 1943 році він одержав військове звання генерал-майор за вміле керівництво військами під час оборони Калініського фронту від наступаючого ворога. Потім генерал-майор Микола Зубарєв охороняв тили 1-го Прибалтійського, 1-го Українського фронтів, командував військами тилу при обороні Москви, звільненні Києва. Він пройшов фронтові дороги до Берліна і брав участь у розгромі гітлерівського Рейха.
Як начальник оборони тилу 1-го Українського фронту він забезпечував охорону церемонії підписання Акту про беззаперечну капітуляцію фашистської Німеччини. Цей день був незабутнім в його памяті і він в деталях розповідав про цю подію, яка відбулася 8 травня 1945 року в Берліні у Карлхорсті, у будинку інженерної школи. У складі 1-го Українського фронту генерал-майор Микола Зубарєв став учасником параду Перемоги в Москві.
Війна закінчилася, але генерал Зубарєв був направлений на Далекий Схід, де брав участь у розгромі військ імперіалістичної Японії.
У 1947 році він одержав нове призначення – став начальником управління прикордонних військ Південно-Західного округу, штаб якого знаходився в місті Мукачево Закарпатської області. Його служба продовжувалася далі в Чехословаччині на посаді старшого радника Міністра внутрішніх справ. Після цього він знову повернувся в Південно-Західний округ.
За вміле керівництво військами по охороні державного кордону і проявлену ініціативу, мужність, хоробрість, відвагу і героїзм генерал-майора був нагороджений орденом Леніна, чотирма орденами Бойового Червоного Прапору, трьома орденами Червоної Зірки, орденом Вітчизняної Війни 1-го ступеня, орденом Богдана Хмельницького і багатьма медалями.
Й для теперішніх поколінь – від убілених сідиною ветеранів-прикордонників до молодих вояків,які щойно заступили на виконання почесного обов’язку охорони державного кордону – приклад служіння Батьківщині генерал-майора Миколи Зубарєва у складні роки воєнного лихоліття залишається одним із зразків, із яких треба постійно брати приклад і вчитися чесно служити рідній державі.