Колегія Рахункової палати за результатами аудиту виконання Програми зробила висновок, що вона не відповідає вимогам Закону України "Про державні цільові програми", оскільки в ній відсутні, як поетапні строки виконання заходів, так і розрахунки обсягів та джерел фінансування другого етапу її виконання, зокрема, на 2006-2010 роки.
Як зазначили аудитори, організаційна система виконання Програми є неефективною та не забезпечує збалансованого розвитку лісового господарства. Державним комітетом лісового господарства, відповідальним за організаційне забезпечення її виконання, у 2006 - 2008 роках не вжито достатніх заходів щодо посилення координації діяльності виконавців Програми. Як наслідок, Державна програма "Ліси України" в планових обсягах не виконується, а очікувані результати не досягаються.
Аудитом встановлено, що постанова Кабінету Міністрів України від 20 червня 2007 року щодо ведення державного лісового кадастру та обліку лісів не виконується. Документація з чергового державного обліку лісів востаннє була поновлена у 2001 році, і лише на підприємствах, установах і організаціях, підпорядкованих Держкомлісгоспу. Єдина достовірна інформація про фактичні площі лісів відсутня, що створює надзвичайно сприятливе середовище для маніпуляцій з землями лісового фонду, у тому числі і через прийняття суперечливих судових рішень. Зокрема, фахівці Рахункової палати встановили, що у 2008 році з постійного користування Данилівського дослідного державного лісгоспу (Харківська область) за рішенням суду, всупереч законодавству, вилучено зі зміною цільового використання та надано у власність юридичній особі 70 гектарів земель лісового фонду.
Загальна площа лісів та інших земель укритих рослинністю, на яких здійснюється ведення лісового і мисливського господарств - зменшується. Із 7,5 мільйона гектарів земель лісового фонду, що перебувають у користуванні підприємств та організацій, які знаходяться в управлінні Держкомлісгоспу, станом на 31 грудня 2008 року оформлено право постійного землекористування на площі 2 мільйона гектарів або 27,1 відсотка. По підприємствах та організаціях, що знаходяться в управлінні Мінагрополітики, з загальної площі земель лісового фонду (1,8 мільйона гектарів), на цю ж дату, правовстановлюючі документи оформлено на площу менш ніж 685 тисяч гектарів або 38 відсотків.
Невиконання заходів Програми у планових обсягах на сьогодні призводить до негативних наслідків. Держкомлісгоспом майже зупинено створення захисних лісонасаджень у високогір´ї Карпатського регіону. З початку реалізації Програми виконані роботи на площі 155 гектарів при необхідних 610 гектарах або 25,4 відсотка. Як наслідок, лісовий покрив майже не вплинув на зменшення стихії, що сталася 23-27 липня 2008 року в Закарпатській, Івано-Франківській, Львівській, Тернопільській та Чернівецькій областях.
За висновками фахівців Рахункової палати, невиконання заходів Програми "Ліси України" та відсутність дієвого контролю за її реалізацією призводять до того, що економічний, екологічний та соціальний зміст Програми втрачається.