Складна міжнародна ситуація та протидія чехословацького уряду, який бажав бачити у своїй державі власну автономну церкву та інші фактори не давали можливості тривалий час упорядкувати життя православної громади на Закарпатті.
У 1920 р. представники православних громад краю вирішили звернутися з проханням про прийняття їх під свою юрисдикцію до архієпископа Олександра (Немоловский), який керував Руською православною місією в США. Через посередництво архієпископа Євлогія (Георгієвський), що очолював православні приходи в Західній Європі, закарпатських православних погодився прийняти під своє керівництво Синод СПЦ. У серпні 1920 р. делегація православних громад зустрілася в Празі з президентом ЧСР Т. Масариком, який дозволив організувати православну церкву на Підкарпатській Русі. 1 грудня 1920 р. Синод СПЦ прийняв рішення про призначення тимчасовим єпископом для православних Підкарпатської Русі Досифея (Васич). У березні 1921 р. Міністерство іноземних справ дозволило йому проживати на території ЧСР.
19 серпня 1921 р. в с. Іза Хустського району відбувся перший собор представників православних громад, який прийняв рішення про обрання єпископом Досифея та затвердив статут православної церкви. Статут був затверджений Синодом СПЦ, але не був підписаний урядом ЧСР.
2 жовтня 1924 р. в м. Хуст відбули загальні збори православних громад, де була обрана Духовна Консисторія, яка мала право у відсутності єпископа вирішувати всі адміністративні справи в єпархії. Консисторію очолив архімандрит Олексій (Кабалюк), до складу Консисторії входило 5-6 чол. На початку січня 1927 р. Собор СПЦ призначив єпископом для православних Підкарпатської Русі єпископа Новосадсько-Бачкського Іринея (Чирич). Єпископ Іриней розробив новий проект статуту православної церкви та домігся від чехословацького уряду визначення допомоги (конгруа) православному духівництву на підставі закону за №122 від 25 червня 1926 р.
На початку 1928 р. Собор СПЦ відправив на Підкарпатську Русь нового єпископа, ним став єпископ Рашко-Призренський Серафим (Іванович). За його правління уряд ЧСР 6 червня 1929 р. затвердив статут „Карпаторуської Православної єпархії”. За розпорядженням єпископа Серафима від 28 листопада 1929 р. в Хусті створювалася Єпархіальна Рада, яка складалася з чотирьох секцій: 1) Духовного суду; 2) Єпархіального управління; 3) Шкільної секції; 4) Управління монастирями. Обраний церковний орган діяв до 1942 р. За правління єпископа Серафима Міністерство шкіл і народної освіти дозволило православному духовенству викладати Закон Божий у державних школах.
Восени 1930 р. замість єпископа Серафима на Підкарпатську Русь приїхав єпископ Бітольський Йосиф (Цвієвич), який поселився у м. Хуст де розташовувалося Єпархіальне Управління. Єпископ Йосиф створив своїм розпорядженням від 19 грудня 1930 р. Раду із представників чернецтва, яка керувала слідкувати за функціонуванням монастирів та скитів на території єпархії.
Починаючи з 1920 і до 1931 рр. православні вірники не мали постійного єпископа, тому 19 вересня 1931 р. Собор СПЦ, за згодою уряду ЧСР, обрав постійним єпископом для „Мукачівсько-Пряшівської єпархії” Дамаскіна (Грданички). Дамаскин, за допомогою чехословацького уряду, переніс свою резиденцію в Мукачево, де був збудований окремий будинок. При єпископі Дамаскині було зареєстровано 115 приходів Мукачівсько-Пряшівської єпархії, визнано право православної церкви на дотацію для побудови культових споруд, право священиків на конгруа, викладання в школі, укладання шлюбів.
2 листопада 1938 р. єпископом Мукачівсько-Пряшівським був обраний Володимир (Раїч). Для ефективного функціонування єпархії єпископ Володимир реорганізував Духовну Консисторію: духовний суд, шкільне, монастирське та єпархіальне управління. Єпископ Володимир відмовився прийняти угорське громадянство і був заарештований поліцією у квітні 1941 р. За його розпорядженням духовна влада на Закарпатті перейшла до ігумена Феофана (Сабова), якого згодом змінив М. Попов.
Всі сербські єпископи намагалися вирішувати питання освітнього рівня православного духовенства. Так у 1929, 1933, 1935, 1937 рр., за ініціативи сербських єпископів на Підкарпатській Русі проводилися пастирсько-богословські курси. Чимало представників духовенства отримало богословську освіту в Югославії. У 20-30 рр. ХХ ст. в сербських духовних закладах навчалося біля 30 студентів.
Ефективному формуванню структури православної церкви на Підкарпатській Русі у 1920-1930-х рр. перешкоджав ряд факторів. Першою причиною було те, що до 1931 р. православні вірники не мали постійного архієрея, який би проживав в межах єпархії та керував нею. По-друге серед православних існувало дві юрисдикції: сербська та константинопольська на чолі з архієпископом Савватієм (Врабец), між якими велася боротьба за вірників та храми. По-третє, уряд ЧСР, який офіційно визнав сербську юрисдикцію, хотів контролювати діяльність церкви на своїй території і відстрочував затвердження статутів. Після конкордату з Римом православні вірники були змушені повернути церкви та маєтки греко-католикам, навіть і в тому випадку, якщо в декотрих селах останніх зовсім не було.
Незважаючи на ряд причин православна церква на початку 30-х рр. ХХ ст. мала чітко сформовану структуру. На чолі Мукачівсько-Пряшівської єпархії стояв єпископ, який спирався на Єпархіальне Управління. На основі затверджених статутів православна церква одержала широку самоуправу, хоча Міністерство культів мало верховний нагляд над керівництвом єпархії. Єпископа іменував сербський Синод з кандидатів, яких пропонували закарпатські православні. Вся територія єпархії поділялася на благочиння, яких у 30-х рр. ХХ ст. було 7. До їх складу входило 164 приходи та філіали (із них 12 на Пряшівщині), які обслуговували біля 120 священиків, у тому числі 43 ченці. В єпархії також діяло 18 чоловічих та жіночих православних монастирів і скитів. Загальна кількість православних вірників за переписом 1930 р. становила 112 034 чоловік