После вылета в низший дивизион команду снова возглавил Виктор Ряшко и через два года, выиграв первую лигу «Закарпатье» вернулось в класс сильнейших. Свой второй сезон в высшей лиге ужгородцы провели намного увереннее, отобрав во втором круге важнейшие очки у лидеров и заслужив звание грозы авторитетов. В итоге, на финише 14-го чемпионата, команда оказалась на относительно высоком 12-м месте.
Старт 15-го чемпионата подопечные Виктора Ряшко откровенно провалили. Всего лишь три очка в десяти матчах и ни одной победы в графе «выигрыши». После поражения на своем поле от «Днепра» в 6 туре со счетом 1:2 команду покинул Виктор Ряшко, на смену которому пришел Петр Кушлык. Но и опытному наставнику не удалось спасти команду от вылета в первый дивизион, хотя уже через год ужгородцы вновь вернулись в класс сильнейших. Однако высшая лига снова приняла «Закарпатье» не очень гостеприимно. Череда поражений уже в сентябре привела к отставке Петра Кушлыка, на смену которому, в роли «исполняющего обязанности» пришел его помощник Владимир Шаран.
В зимнее межсезонье «Закарпатье» покинули арендованные у «Динамо» Марцваладзе и Аладашвили, вернулись в «Металлист» Диденко и Кривошеев, в «Ильичевец» перешел Чучман. На смену им пришли далеко не последние люди в украинском футболе: из «Харькова» прибыл Руслан Платон, из «Ильичевца» - опытный Константин Бабич. Еще одним новичком, который оказался лучшим бомбардиром команды в межсезонье, стал нигерийский форвард Чарлз Невуче. Среднюю линию пополнили Андрей Писный из Ахтырки и Руслан Ярош из «Арсенала». Опять таки из Мариуполя приехал в Ужгород защитник Иван Шуга, а последней весомой покупкой стал его коллега по амплуа – албанский стоппер ростом под два метра Эрвис Крайя.
Весенняя часть чемпионата началась для «Закарпатья» с безвольного поражения в Донецке от «Шахтера» (0:5). Домашний матч следующего тура команда Шарана провела с боевым настроем, но несмотря на все старания да плюс ко всему нереализованный пенальти, победить «Арсенал» не смогла (0:0). Затем последовало очередное выездное поражение в Одессе от «Черноморца» - 1:3. Как видим, и молодому тренеру пока не удается поднять ужгородцев со дна турнирной таблицы. Правда, домашняя ничья в минувшее воскресенье с днепропетровским «Днепром» (1:1) по словам наставника «Закарпатья» вселила в команду уверенность, и он ждет от своих подопечных победного результата уже в субботнем матче с запорожским «Металлургом».
В истории чемпионатов Украины «Металлург» и «Закарпатье» провели 7 матчей, в 6 из которых сильнее были запорожцы и лишь в осеннем матче текущего чемпионата закарпатцы сумели добиться ничейного результата.
В первом поединке, состоявшемся 4 августа 2001 года на стадионе «Торпедо» запорожцы устроили настоящий разгром новичку чемпионата, выиграв со счетом 4:1 (Акопян – 2, Заяц, Ильяшов). В дальнейшем «Металлург» трижды уходил с поля победителем, обыгрывая соперника, как дома, так и на выезде с минимальным счетом 1:0. На выезде дважды отличался Модебадзе, а дома победный мяч записал на свой счет Силюк. Крупный счет был зафиксирован и в первом поединке 15-го чемпионата, который состоялся 2 октября на торпедовском стадионе, где «металлурги» без особых проблем записали на свой счет крупную победу – 3:0 (Чигринский, Акопян, Любарский). Ответная встреча второго круга также прошла под диктовку гостей, выигравших со счетом 2:0 (Любарский, Шищенко). Последняя встреча соперников произошла 1 сентября 2007 года в 8-м туре 17-го чемпионата Украины. В Ужгороде на стадионе «Авангард» запорожцы первыми добились успеха, когда на 27-й минуте удачно завершил комбинацию Аржанов, но автогол Перишича за три минуты до перерыва принес первую ничью в истории противостояния соперников.