А почалося все ще восени 1938 року, коли всім стало ясно, що Чехословацька Республіка приречена. Її розпад розтягнувся на півроку і пройшов декілька етапів. 29 вересня було підписано Мюнхенську угоду, за якою до Німеччини відійшла Судетська область. В жовтні 1938 року Чехословаччину примусили віддати 7 словацьких сіл Польщі (уже незалежна Словаччина їх повернула собі у вересні 1939 року після німецької окупації Польщі). Невеликий район біля Братислави було передано Австрії (власне, Німеччині, оскільки Австрія на той час уже була приєднана до Третього Рейху). На початку листопада 1938 року був Перший Віденський арбітраж, що його провели Німеччина та Італія. Внаслідок нього Угорщині була передана частина території Чехословаччини (точніше, півдня Словаччини та Підкарпатської Русі) з переважно угорським населенням. А вже 14 березня 1939 року Чехословаччина повністю припинила своє існування. Це сталося після вступу до Праги частин Вермахту та проголошення Протекторату Богемія і Морава. Того ж дня незалежність проголосили Словаччина та Карпатська Україна (колишня Підкарпатська Русь). Щоправда, остання одразу ж була зайнята угорськими військами і невдовзі інкорпорована до складу Угорщини. Одним із пояснень вступу угорських військ на Підкарпаття було відновлення тисячолітнього співжиття мадярів і русинів в єдиній державі.
Однак після цього у тому ж березні 1939-го стався ще один конфлікт, причому приводом до нього знову були названі русини. Йдеться про збройну сутичку між двома сателітами Німеччини – Словаччиною та Угорщиною, відому під назвою "малої війни".
Підґрунтям конфлікту була давня невирішеність словацько-угорських відносин. Перший Віденський арбітраж також не визначив чітко східний словацький кордон (і не міг цього зробити, оскільки він на той час був адміністративним кордоном між Словаччиною та Підкарпатською Руссю в межах Чехословаччини). Окрім цього, мати спільний кордон з Угорщиною, як за Австро-Угорщини, прагнула Польща. Угорський міністр закордонних справ А. Чакі 11 березня 1939 року (тобто ще до окупації Підкарпатської Русі) писав угорському послу Горі у Варшаві: "Польща зацікавлена в тому, щоб Словаччина цілком приєдналася до Угорщини". Пізніше, 30 березня, угорський посол повідомляв Чакі, що, за польськими даними, вся Пряшівщина бажає приєднатися до Угорщини.
Незважаючи на це, 15 березня 1939 року Угорщина першою в світі визнала незалежність Словацької держави. Проте вже 18 березня німецький консул у Братиславі Е. фон Друффель повідомив словацьке МЗС, що словацькому війську заборонено заважати просуванню угорських військ з колишньої Підкарпатської Русі в районі річки Уж.
Одночасно словацький уряд проводив переговори з Німеччиною, щоб та ґарантувала непорушність її кордонів. 18 березня була підписана угода, за якою Третій Рейх брав на себе захист кордонів Словаччини впродовж 25 років, а також обіцяв надати допомогу Словаччині у створенні армії.
Одночасно працювала словацько-угорська комісія з делімітації кордону. Причиною її роботи була невизначеність колишніх адміністративних кордонів між Словаччиною та Підкарпатською Руссю в межах Чехословаччини. Спірною була Пряшівщина – гірський реґіон нинішньої Східної Словаччини з переважно руським населенням. Тимчасовий кордон проходив уздовж залізниці Ужгород – Ужок, причому саме місто Ужгород перебувало в складі Підкарпаття.
22 березня комісія закінчила свою роботу і словацьким військовим частинам, що стояли на кордоні, дали "відбій".
Але вже наступного дня о 5.30 ранку угорські війська без оголошення війни перейшли кордон Словаччини. Вони наступали трьома колонами. Перша (піхотний полк) просувалася в напрямку Великий Березний – Улич – Старина. Друга (піхотний полк з бронетехнікою) наступала в напрямку Малий Березний – Стакчин – Убля. Третя (два піхотні полки, гірськострілецький батальйон, танкова та моторизована групи, артилерійська та протитанкова батареї, кавалерійські підрозділи) йшла в напрямку Ужгород – Тибава – Собранці. Таким чином, дві колони наступали безпосередньо з території колишньої Підкарпатської Русі, а третя – з території, що за Віденським арбітражем уже півроку належала Угорщині. Словацькі джерела пишуть, що метою угорських військ було дійти до Попрада, хоча угорські історики вважають, що такі цілі не ставились.
З початком воєнних дій міністр народної оборони Словаччини підполковник Фердінанд Чатлош віддав наказ військові на наступ відповідати обороною та контрнаступом. Також був відданий наказ озброїти Глінкову гвардію – напіввійськові загони єдиної на той час у країні політичної партії, які за конституцією не мали права носити зброю. Понад половину словацької армії складали юнаки, мобілізовані щойно 1 березня. Офіцерів було надзвичайно мало: в армії колишньої Чехословаччини тільки 3,4% офіцерів були словаками, а чехи, які становили переважну більшість, після розпаду країни поверталися додому.
Протягом 23 – 24 березня словацька армія з повітря обстріляла угорські позиції піхотні та бронетехнічні частин. 24 березня словацькі літаки бомбардували Ужгород, Собранці та Великий Березний. Над Собранцями зав'язався повітряний бій. Словаки під час цієї війни втратили 13 літаків, 7 пілотів загинули, один потрапив у полон. Мадяри визнали про втрату одного літака від вогню власної зенітки. Після повітряних атак словацька піхота спробувала перейти у контрнаступ, однак безуспішно.
25 березня зайняті угорським військом території відвідав прем'єр-міністр Угорщини Пал Телекі. Цим візитом було дано обґрунтування її анексії: стратегічне значення для захисту залізниці в долині річки Уж та автомагістралі Хуст – Пряшів.
"Охоронна угода" Словаччини з Німеччиною змусила останню посадити обидві сторони конфлікту за стіл переговорів. Переговори про новий кордон розпочалися в Будапешті 27 березня. Словаки хотіли залишити кордони, що їх був визначив Віденський арбітраж, однак Німеччина підтримала претензії Угорщини на частину Снинського округу (74 села) та Собранецький округ (41 село), які було включено до "Підкарпатської військової адміністрації". Територія ця входила до складу Підкарпаття до 1944 року. У 1945 році кордон між новоутвореною Чехословаччиною та Радянським Союзом, куди увійшло Закарпаття, було посунуто трохи західніше з тим, що обидва боки залізниці Чоп – Ужгород – Ужок відходили до СРСР (до війни Чоп і кілька довколишніх сіл на захід від залізниці входили до складу Словаччини).
31 березня було підписано перемир'я, але спорадичні сутички тривали далі. Нарешті, 4 квітня 1939 року було підписано офіційний протокол про новий кордон між двома державами.
В результаті "малої війни" Словаччина втратила 1.056 км2 своєї території завдовжки 60 км з півдня на північ і завширшки майже 20 км зі сходу на захід з населенням близько 70 тис. чоловік, в т.ч. 37.786 тодішніх русинів і 26.981 словаків.
Цікаво, що про приєднання всіх руських сіл Східної Словаччини до Угорщини разом зі словацькими анклавами просив колишній прем'єр-міністр Підкарпатської Русі Андрій Бродій, якого було позбавлено прем'єрства ще в часи Чехословаччини саме за підозру в агентурній співпраці на користь Угорщини.
У листопаді 1940 року протокол про приєднання до Троїстого союзу Німеччини, Італії та Японії підписували одночасно міністри закордонних справ Словаччини Тука та Угорщини Бардоші. Підписуючи документ, Тука заявив: "Підписую акт, на якому буде підпис його превосходительства Бардоші, мого мадярського колеги. Хочу заявити, що хоча ми як союзники тут підписуємо на одному папері, це не означає, що між нами все в порядку. Відторгнуті та нечесно відібрані у Відні 2 листопада 1938 року словацькі землі вважаю своїми... і за першої ж нагоди будемо вимагати їх повернення".
Таким чином, словацько-угорська "мала війна" стала першим конфліктом між подальшими союзниками Німеччини у другій світовій війні, що заважав нормалізації відносин між ними. Словаччина, постійно прагнучи переглянути рішення Віденського арбітражу, натомість була змушена віддати подальшу частину своєї території. Словацька нація консолідувалася на антимадярському грунті. Угорщина, у свою чергу, бажала стати основною потугою в Дунайському басейні. Позиція Німеччини полягала у створенні конфліктів між Угорщиною та Словаччиною у власних інтересах. Цікаво, що у червні 1941 року саме Словаччина першою з країн-сателітів Німеччини оголошує війну СРСР – вже 22 червня – саме намагаючись завоювати покровительство Рейху у суперечці з Угорщиною.